第三次冲击后的幸存世界中，14岁的碇真嗣被父亲召唤至特务机关NERV。当他被迫驾驶初号机与使徒“水天使”战斗时，机体同步率突破100%的瞬间，他听到母亲的呼救声——原来母亲碇唯的意识并未消散，而是被父亲以数字灵魂形式封存于机体核心。此次剧场版重制揭示了隐藏细节：每次出击前，真嗣插入栓内的LCL液体颜色都会微妙变红，那是母亲血液的象征。使徒并非单纯的入侵者，而是被父亲释放来测试初号机容器的“实验体”。最终决战中，真嗣拒绝杀死最后一个使徒，导致NERV总部被迫启用来自南极的“禁忌备份体”——一个长着真嗣面孔的白色巨人。
旧作观众会为每个新镜头尖叫。情感压迫从第一帧就攥紧喉咙，父子对峙戏的冷暴力处理比任何使徒攻击都致命。结尾彩蛋让整个系列的时间线变成莫比乌斯环。
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剧集
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落魄浪人多十郎受命刺杀恩人之女，却在雪夜中与她相爱，最终用生命换来一场没有明天的逃亡。